สาขาวิชาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกและรับนิสิตรุ่นแรกในปี 2545 ในฐานะสาขาวิชาของคณะเภสัชศาสตร์และวิทยาศาสตร์สุขภาพ และเมื่อวันที่ 15 มกราคม 2547 จึงได้โอนมาสังกัดคณะแพทยศาสตร์ โดยมีนิสิต 84 คน จำนวน 2 รุ่น และได้เปิดศูนย์บริการทางการแพทย์แผนไทยประยุกต์ ซึ่งให้บริการตรวจรักษาทางการแพทย์แผนไทยประยุกต์ ได้แก่ หัตถเวช อายุรเวช เภสัชกร เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม 2549

การศึกษา 2550 ได้ดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ (หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2550) โดยผ่านมติเห็นชอบจากที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยมหาสารคาม ครั้งที่ 9/2550 เมื่อวันที่ 28 กันยายน 2550 และได้รับการรับรองจากกองประกอบโรคศิลปะโดยคณะกรรมการวิชาชีพสาขาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ เมื่อวันที่ 25 สิงหาคม 2551 รวมทั้งในปี พ.ศ. 2552 ได้มีการเปลี่ยนชื่อหลักสูตรจากเดิมหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ เปลี่ยนเป็นหลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต และเปิดสถานผลิตยาและผลิตภัณฑ์สมุนไพร เพื่อสนับสนุนการจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต และผลิตยาและผลิตภัณฑ์สมุนไพร เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2550[1]

ปัจจุบัน สาขาวิชาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ อยู่ระหว่างการดำเนินโครงการจัดตั้งเป็นคณะสหเวชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหาสารคาม (Faculty of Allied Health Sciences, Mahasarakham university)